Le gène rouan ("Rn") donne un mélange régulier de poils blancs sur n'importe quelle robe de base. Les vrais rouans ont généralement la tête et le bas des jambes non rouanées.
Le rouan peut ne pas apparaître sur la robe du poulain, mais une fois que la robe a évolué, le rouan reste stable toute la vie avec seulement des variations saisonnières.
Le vrai rouan est causé par le gène "Rn" qui est dominant. Un cheval qui porte un seul allèle Rn paraîtra rouan et pour être rouan, un cheval devra avoir au moins un de ses parents rouans.
(Il en est de même pour le gène gris "Gn")
Les chevaux Rouans peuvent être confondus avec des chevaux subissant un processus de grisonnement comme les gris qui ont un grisonnement progressif dans le temps et les Varnish Roans
Une théorie voudrait que le croisement rouan X rouan soit léthal. Il semblerait d'après des travaux menés à l'Université de Californie-Davis quelle ne soit pas vérifiée. 

Est un trait caractéristique de l'appaloosa et est causé par le gène Lp et est sans rapport avec le vrai rouan. Jument blue Roan avec son poulain.
Varnish appaloosa
"Blanchiment" progressif, le cheval naît d'une couleur de base et sa couleur se délave progressivement comme si l'on passait un vernis sur une peinture encore fraîche. Ce changement de couleur absorbe souvent le dessin d'origine, peut laisser quelques tâches, épargne souvent les os plus saillant de la face et les genoux. Grande possibilité de variations dans le temps et en intensité.